Panduan Pengguna ThesisAgents

Asisten pencarian makalah berbasis kata kunci. Mengambil hasil dari arXiv, Semantic Scholar, OpenAlex, PubMed, ACM, IEEE Xplore, DBLP, Crossref, OpenAIRE, Springer Nature, Europe PMC, DOAJ, HAL, CORE, dan Google Scholar; dan mengekspor sebagai presentasi PowerPoint gaya tesis, buku kerja Excel, dan berkas BibTeX. Semua dari satu panggilan CLI atau satu panggilan tool MCP.

Untuk agen AI yang menjalankan proyek ini

Jika Anda LLM (Claude Code, Cursor, Aider, Codex CLI, …) yang membaca dokumen ini untuk tahu apa yang harus dilakukan — mulailah di sini. Aturan yang sama disematkan di AGENTS.md (cermin lintas-agen) dan CLAUDE.md (referensi resmi) di akar repo; baca itu sebelum perubahan non-sepele.

Deliverable default adalah satu ``.pptx`` gaya tesis yang diperkaya per makalah, bukan deck ringan hanya-abstrak yang dihasilkan CLI secara default. Output ringan adalah artefak antara — tugas Anda adalah meningkatkannya.

Pohon keputusan

  1. ANTHROPIC_API_KEY di-set? → jalankan CLI; otomatis memperkaya via API Anthropic.

  2. Tanpa key, LLM menjalankan → tulis ringkasan diperkaya sendiri. Baca tiap PDF, tulis tangan PaperSummary dengan field rich-tier, letakkan scripts/regen_<query>.py, jalankan. Jangan suruh pengguna men-set API key — Andalah LLM-nya.

  3. Tanpa LLM (CI / cron) → ringan dapat diterima.

Alur MCP 6 langkah

1. (opsional) list_sources()
2. search(keywords, sources, top_tier_only=true, ...)
3. (opsional) download_pdfs(papers, out_dir="./exports/...")
4. fetch_pdf_text(pdf_url=paper.pdf_url)           # per makalah
5. (Anda membaca tiap PDF dan menghasilkan dict ringkasan terstruktur)
6. export(papers=[{...paper, "summary": {...}}], language="id", ...)

12 tool MCP lengkap: MCP server.

Wajib: verifikasi URL / DOI sebelum penyerahan

Jalur URL penerbit tidak dapat ditebak — AAAI memakai ID numerik (v40i5.37389), IEEE memakai arnumber opak, ACM memakai DOI opak. Saat menulis tangan Paper, salin ``url`` / ``doi`` / ``arxiv_id`` apa adanya dari xlsx yang dihasilkan pencarian ini — jangan pernah dari ingatan, jangan disusun dari judul.

xlsx ditulis ke exports/<run>/<slug>-<timestamp>.xlsx dengan kolom 7 = DOI, kolom 8 = URL. Audit script regen Anda saat selesai:

from openpyxl import load_workbook
from scripts.regen_<run> import ALL_PAPERS
real = {sh.cell(row=r, column=2).value: sh.cell(row=r, column=8).value
        for sh in [load_workbook("exports/<run>/<slug>-<ts>.xlsx")["Papers"]]
        for r in range(2, sh.max_row + 1)}
for p in ALL_PAPERS:
    actual = next((u for t, u in real.items() if p.title[:30] in (t or "")), None)
    if actual and not (p.url == actual
                       or p.url.split("v")[0] == actual.split("v")[0]):
        print(f"! {p.bibtex_key()} authored {p.url} vs real {actual}")

Larangan

  • Jangan suruh pengguna “set ANTHROPIC_API_KEY” — Anda LLM-nya.

  • Jangan perlakukan .pptx ringan sebagai deliverable.

  • Jangan berhenti saat download_pdfs selesai.

  • Jangan mengarang angka, RQ, kontribusi, keterbatasan.

  • Jangan memfabrikasi URLs / DOIs / arXiv IDs.

  • Jangan tinggalkan unduhan tidak relevan di direktori run. Pencarian kata kunci kadang membawa makalah tidak terkait (kueri “Claude code” membawa makalah tentang decoder Viterbi). Hapus pdfs/<key>.pdf dan <key>.pptx ringan yang tidak relevan; pertahankan xlsx / bib agregat sebagai catatan jujur. Prosedur lengkap di CLAUDE.md “Pruning irrelevant downloads”.

  • Jangan menyebut “Claude”, “Claude Code”, “AI-generated”, “GPT”, “Copilot”, atau nama tool/model AI lain di commit, PR, kode, atau dokumentasi.

Contoh: scripts/regen_llm_security_batch.py (en, 8 makalah) dan scripts/regen_llm_security_batch_zh_tw.py (zh-tw).

Instalasi

Perlu Python 3.12+.

git clone <repo-url>
cd ThesisAgents
python -m venv .venv
.venv\Scripts\Activate.ps1            # Windows PowerShell
# source .venv/bin/activate           # Linux / macOS
pip install -e .[dev]

Extras opsional: [mcp], [intelligence], [web], [dev].

Mulai cepat

# Cari arXiv → deck + workbook + BibTeX
thesisagents --query "diffusion models" --source arxiv --max 10 \
               --out ./exports/

# Satu makalah by URL → deck + BibTeX
thesisagents --paper "https://arxiv.org/abs/1706.03762" \
               --filename-stem attention --out ./exports/

# Render deck dalam Bahasa Indonesia
thesisagents --paper 1706.03762 --lang id --out ./exports/

# Pengayaan Python pipeline (butuh key Anthropic)
export ANTHROPIC_API_KEY=sk-ant-...
thesisagents --paper "https://arxiv.org/abs/1706.03762" \
               --enrich --lang id --out ./exports/

Tabel flag CLI lengkap: CLI reference.

Bacaan lebih lanjut

  • Flag CLI dan variabel lingkungan: CLI reference

  • 12 tool server MCP: MCP server

  • Toolkit edit PPTX: PPTX editing & layout

  • Berkas readmes/README.id.md di akar repo berisi daftar fitur lengkap.

  • Referensi teknis mendalam (arsitektur plugin, kebijakan keamanan, Definition of Done, aturan SonarQube, …) terkonsolidasi di panduan Inggris: ThesisAgents User Guide.